En el primer lanzamiento en América, el juego se tituló Final Fantasy III, aunque este título fue después corregido y remplazado por el título original para las ediciones posteriores. El argumento del juego gira alrededor de un grupo, denominado Los replicantes, que lucha contra la tiranía del Imperio, un régimen militarista de inspiración bonapartiana gobernado de forma despótica por el Emperador Gestahl.
Reeditado y aclamado por la crítica,6 7 8 está considerado un hito sin precedentes dentro de la saga y del género RPG.9 Tuvo más opciones en las batallas que sus predecesores y el más largo reparto de personajes jugables de la saga Final Fantasy hasta la fecha, sin contar las entregas spin-off. Sigue siendo realmente elogiado por su argumento y personajes.
Final Fantasy VI tiene lugar en un extenso mundo. Durante el transcurso del juego, su geografía y elementos se verán alterados por diversos acontecimientos en el argumento del juego. En la primera parte del juego, el mundo está dividido en dos grandes continentes y se conoce como "El Mundo en equilibrio". El continente norte está repleto de cadenas montañosas que impiden al jugador acceder a varios lugares fácilmente. Durante el transcurso del juego, la geografía del planeta se ve gravemente alterada, y los dos continentes se dividen convirtiéndose en diversas islas esparcidas con un inmenso continente en el centro del mapa. Este nuevo mundo alterado se conoce como "El Mundo de la Ruina".
En contraste con el ambiente o entorno medieval visto en anteriores juegos de la saga, Final Fantasy VI se sitúa en un ambiente steampunk. La estructura de las sociedades se parece mucho a la de mediados del siglo XIX, la ópera y las artes pictóricas aparecen mucho durante el juego,15 y el nivel tecnológico es parecido al de la época de la Segunda Revolución Industrial. Existen algunos ferrocarriles y hay una explotación minera en el pueblo norteño de Narshe. Adicionalmente, se pueden hallar algunos ejemplos de ingeniería moderna y armamento (como una motosierra, un taladro y una ballesta automática) en el reino de Fígaro. Sin embargo, los sistemas de comunicación no parecen haber alcanzado igual grado de desarrollo, las cartas se envían mediante palomas mensajeras, que parece ser el método más común de comunicación.
El contexto histórico del juego es desconocido para el jugador en el comienzo, pero durante la primera mitad del juego (particularmente tras el final de esa parte), los personajes comienzan a entender la situación reinante. Mil años antes de los eventos del juego, tres diosas que representaban todo el poder de la magia existente lucharon entre sí en una guerra. Esta contienda esparció enormes cantidades de magia por todo el mundo, transformando a todo humano que fue afectado por ellas en unas criaturas mágicas conocidas como "Espers," bajo el control de las diosas. Las tres diosas, llamadas la Tríade marcial, usaron a los espers como soldados en aquella guerra entre los tres, por lo que el conflicto pasó a denominarse la Guerra de los Magi. Finalmente, las diosas se dieron cuenta que aquella guerra no hacía más que perjudicar a todos, y queriendo reparar el daño que hicieron, devolvieron la libertad a los espers y se convirtieron a sí mismos en piedra los unos a los otros al mismo tiempo. Los Espers se asegurarían de que permaneciesen sellados y su poder no se desatase de nuevo.16 Cuando la guerra acabó, los humanos supervivientes y los espers eran muy diferentes en apariencia, gustos y forma de vida. Por tanto, los espers se fueron a vivir a otra dimensión, llevándose consigo las estatuas de los dioses y sellando la entrada entre su mundo y el de los humanos.
Gradualmente, la raza humana fundó una sociedad basada en la tecnología y la Guerra de los Magi pasó a ser una leyenda.17 En la actualidad, la tecnología más poderosa está en manos del Imperio, un país dictatorial, expansivo y cruel, regido por el Emperador Gesthal y sus generales, Kefka, Leo Cristophe y Celes Chere. Aproximadamente dieciocho años antes de los acontecimientos del juego, la barrera entre el mundo humano y la dimensión de los espers se debilitó y una mujer la atravesó por accidente. A pesar de que muchos de los espers desconfiaran de ella y creyesen que los humanos no pudiesen coexistir con los espers, uno llamado "Maduin" cree que deberían intentarlo antes de juzgar.18 La mujer se queda en el mundo de los espers, y pronto tiene una hija con Maduin, llamada "Terra". Entonces, llevado por su ambición de obtener el legendario poder de los espers, Gestahl avanza a través de la debilitada barrera y lanza un ataque en un intento por atrapar a la mayor cantidad posible de Espers. Antes del intento desesperado del líder de los espers de invocar un hechizo que envía a través del portal dimensional a las fuerzas de Gestahl, muchos espers son capturados, y Maduin, su esposa, y una Terra bebe son atrapados en el hechizo. Maduin y su hija capturados, mientras que su esposa muere.
Usando a los espers como fuente de poder, Gestahl inició un programa de desarrollo para combinar magia con maquinaria e infundir a los humanos sus poderes mágicos, el resultado fue una tecnología conocida como "Magitek." El Imperio alojó este concepto de Magitek en grandes vehículos mecánicos conocidos como "Armadura Magitek", que permitían a un soldado usar el poder de la magia. Además, Kefka fue modificado con magia, volviéndose el primer prototipo de una nueva línea de "Super soldados" llamados "Guerreros Magitek", que posteriormente incluiría a Celes Chere. Este procedimiento aún estaba en la fase de desarrollo, y como resultado, la cordura de Kefka fue severamente dañada.19 Otro invento Magitek fue la "Corona de Esclavitud", un aparato que permite controlar a una persona.20 Cuando Terra creció, El Imperio uso el aparato para controlar sus acciones y usarla como un arma. Sumando el potencial Magitek con sus habilidades mágicas naturales, al inicio del Juego, El Imperio se encuentra en el camino de redescubrir el potencial completo de la Magia y reabrir el Portal al Mundo de Los Espers. Mientras tanto, al régimen del Imperio, se le oponen los Replicantes, un grupo de rebeldes que buscan derrocar al Imperio y liberar sus territorios.